Le Secrétaire Général assure la mission de supervision des activités des services de l’institut. Il est dirigé par un Secrétaire Général qui :
- Participe à l’élaboration et au suivi de l’exécution du budget de l’institut ;
- Veille à l’application des programmes d’enseignent et de recherche ;
- Gère le personnel administratif ;
- Gère les biens meubles et immeubles de l’institut.
Le Secrétaire Général de l’institut est nommé par décret sur proposition du Ministre de la jeunesse et des Sports.